動物醫(yī)學系成立于2019年8月，由原預防獸醫(yī)學教研室和臨床獸醫(yī)學教研室合并而成。全系現有教職工25人，其中教授7人，副教授6人，高級實驗師1人，高級獸醫(yī)師1人，講師5人，助教1人；博士16人，碩士4人。擁有國家級、省級優(yōu)秀教師、省級教育先進工作者和省級拔尖人才、中青年學科帶頭人等4人，安徽省現代農業(yè)產業(yè)技術體系崗位專家3人；省級教學名師1人，省級教壇新秀1人；7位教師擔任碩士研究生導師。擁有預防獸醫(yī)學、臨床獸醫(yī)學和小動物醫(yī)學3個省級教學團隊、1個安徽省科研平臺創(chuàng)新團隊。
動物醫(yī)學系目前承擔著動物醫(yī)學、動物科學和動植物檢疫專業(yè)的《獸醫(yī)微生物學》、《畜牧微生物學》、《獸醫(yī)傳染病學》、《動物寄生蟲病學》、《獸醫(yī)免疫學》、《獸醫(yī)生物制品學》、《分子生物學原理及應用》等30余門課程的理論和實驗教學任務，同時承擔著《獸醫(yī)臨床診斷學大實驗》、《獸醫(yī)微生物學大實驗》、《中獸醫(yī)學大實驗》、《獸醫(yī)傳染病學大實驗》、《獸醫(yī)寄生蟲病學大實驗》等教學實習和畢業(yè)生畢業(yè)實習等任務。其中，《獸醫(yī)外科手術學》、《獸醫(yī)臨床診斷學》、《動物寄生蟲病學》等16門課程為省級建設課程。
動物醫(yī)學系建有動物營養(yǎng)調控與健康安徽省重點實驗室、農業(yè)農村部豬肉質量安全控制重點實驗室（校企共建）、家禽疫病防控與監(jiān)測安徽省高校重點實驗室、安徽省SPF實驗動物中心、安徽省獸醫(yī)臨床診療省級實習實訓中心等省部級科研與實踐實訓平臺，設有1個動物醫(yī)學實驗教學中心，實驗室面積超過3000m2，實驗儀器設備總值2000多萬元。注重校企合作辦學和校外基地建設，先后與大北農集團、溫氏集團、中牧集團等90多家校外企事業(yè)單位建立產學研合作關系。
動物醫(yī)學系教師積極參與科研和教研，以科研和教研促進學科建設和教學質量提高。近3年來共承擔各級科研課題32項，獲批省級質量工程項目10項，在研經費近1000余萬元。授權國家發(fā)明專利和實用新型專利17項，制定國家行業(yè)標準和地方標準各1項，計算機軟件著作權。撰寫或參編教材和著作3部，在省級以上學術刊物上發(fā)表科研論文63篇（其中SCI，medline等收錄30篇），教研論文15篇。（數據截至2023年3月）
